教育部直屬高校有北京大學、清華大學、上海交通大學、復旦大學、浙江大學、中國人民大學、南京大學、西安交通大學、同濟大學、武漢大學、南開大學、華中科技大學、北京師范大學、東南大學、四川大學等，以下是具體名單，供大家參考。