變電站微機保護配置必須滿足國家頒發繼電保護及安全自動裝置通用技術條件。對于110kV及以下變電站保護監控，宜選用保護、測量、控制、信號為一體“四合一”保護裝置；對于220kV及以上變電站保護監控，宜選用保護、監控獨立裝置，因為220kV及以上變電站設備保護要求雙重化配置。
由于微機保護裝置要下放到間隔層設備附近安裝(如高壓開關柜)，要求保護裝置適應現場惡劣環境（如潮濕、溫度、灰塵、有害氣體等），尤其是溫度環境，因保護裝置不適應溫度環境造成微機保護裝置誤跳閘、誤發信號情況時有發生。保護裝置適應環境溫度必須達到－15℃～＋55℃。溫度范圍越寬，裝置適應環境能力越強。要求選用全密封結構和背插式結構，以提高裝置抗干擾能力，如輻射電磁場干擾、靜電干擾。具有抗共模、差模、靜電、輻射電磁場、快速瞬變、諧波等干擾能力，不需外加抗干擾端子。保護裝置對變電所接地電阻無特殊要求，滿足變電站小于4Ω。
微機保護裝置電源對保護裝置可靠性十分重要，電源范圍必須達到－20％～＋10％，紋波系數小于5％，且電源功率足夠。電源范圍越寬，裝置性能越強。因裝置電源范圍不滿足要求，造成保護誤動、拒動、通信掉網等情況實有發生。保護裝置開入電源一般應選用DC220V，以提高抗干擾性能。
微機保護裝置在所有印制板插件均不拔處條件下，具有較高絕緣水平和較高耐壓水平；正常情況下，耐壓性能：交流回路對地2Kv/1min，直流回路對地1Kv/1min，開入回路對地、通信回路對地0.5Kv/1min，裝置回路對地1.5Kv/1min；濕熱情況下為上述指標75％。絕緣性能：交直流回路選用開路電壓1000V搖表，開入回路選用500V絕緣遙表。一般情況下，裝置耐壓水平和絕緣水平越高，保護裝置性能越好，抗干擾性能越好，保護裝置長期可靠運行越高。
微機保護裝置跳閘出口應為獨立出口、帶獨立信號，具有獨立遙控跳合閘執行繼電器，以提高保護裝置可靠性和符合我國運行習慣，因為保護裝置跳閘出口為一綜合出口時，如果出口繼電器故障，保護原理不論怎樣全面，均無濟于事。
對66kV及以下設備保護監測，選用“四合一”保護裝置，保護監控功能、通信功能應分散到不同CPU去處理，降低負載率，提高可靠性。對110kV及以上電壓等級和發電機、主變壓器保護監控，保護測控應獨立配置，保護應按功能分散配置，獨立保護單元，如一臺110kV主變壓器保護測控，差動保護一個保護單元，后備保護按一側設計為一個保護測控單元，非電量一個保護單元；采此種設計不會出現因一臺裝置故障，變壓器失去保護，降低風險。
一個變電站所有保護裝置硬件必須標準化，且完全可以互換，保護裝置機結構開孔尺寸應當完全統一，以利于用戶運行維護，減少備品備件。
微機保護裝置可靠性取決于軟件判據合理和完整，如備用電源自投裝置應當具有進線電流做為閉鎖判據，即當母線三相失壓，對應進線有電流，此時應報PT斷線，閉鎖備自投。
微機保護裝置具有完整型式試驗報告，主設備和高壓超高壓設備還應當有動模試驗報告，如一套完整主變壓器保護必須具有動模試驗報告，因為主變壓器事故情況復雜，受各因素影響較多，且主變壓器價值昂貴，事故時損失太大。
保護裝置選擇時，應當考慮保護定值誤差、測量準確級等。并應當充分利用微機保護裝置軟硬件資源，獲得附加功能，如諧波分析、故障錄波、故障定位、測量等。